شب گذشت خواست كه به مسجد رود و به عادت مستمرهء ديرينه به عبادت مشغول شود . عيالش به او گفت كه شما امشب و يا اين شبها رفتن به مسجد را ترك كنيد . آن جناب فرمود كه مگر مىترسيد كه مرا بكشند ؟ من بسيار طالب شهادتم و لكن اين سعادت دور است كه مرا ميسر گردد . پس در سنهء هزار و دويست و شصت و چهار ( 1264 ) در نيمه‌شب از خانه بيرون آمد و به مسجد خود رفت و در محراب عبادت ايستاد و به تضرع و زارى و گريه و بىقرارى به درگاه حضرت بارى اشتغال داشت و چون نزديك به صبح شد - بلكه گويا صبح كاذب بود - عجوزه‌اى كه به عادت خود آمد كه چراغ مسجد را روشن كند و او هم به روشن كردن چراغ مشغول ، و شهيد ثالث در آن هنگام سر به سجده گذاشته مناجات خمسهء عشر را به نهايت خضوع و خشوع مىخواند و مىگريست كه به ناگاه چند نفر از فرقهء غاويهء ضالهء مضلهء بابيه داخل مسجد شدند . در اول نيزه‌اى بر گردن مبارك آن جناب زدند . آن جناب هيچ متعرض نشده زخم دوم را زدند كه آن جناب سر از سجده برداشته فرمود كه چرا مرا مىكشيد ؟ پس نيزه‌اى به دهان مباركش زدند كه دهان آن جناب شكافته شد . مجملا آن جمع هشت زخم به او زدند كه ناگاه آن عجوزه فرياد برآورد . قتلهء ظلمه گريختند . آن جناب از محراب برخاست كه از مسجد بيرون آيد تا خون ميان مسجد ريخته نشود . محراب به در مسجد نزديك بود . پس آن بزرگوار تا نزديك در مسجد رسيد ، از شدت زخمها و پيرى و عبادت در شب ، ضعف بر او مستولى شد . پس نزديك در افتاد و غش كرد و در خون غوطه مىزد . عيال و اطفالش با خبر شده آمدند و جسد انورش را به خانه بردند . تا دو روز زنده بود و به‌سبب شكاف زبان ، درست قدرت بر سخن گفتن نداشت و بسيار تشنه مىشد و قدرت بر آشاميدن آب نداشت زيراكه آن زخم سوزش برمىداشت و طاقت شرب آب نمىآورد . مگر در آن حالت تشنگى ، سيد الشهداء ( ع ) را به ياد مىآورد و قطرات عبرات از ديدگان خود مىريخت و مىفرمود : يا ابا عبد اللّه ! جانم به فداى تو ! آيا از تشنگى بر تو چه گذشت ؟ الحاصل بعد از دو روز روح مباركش جانب جنان در خدمت سيد جوانان اهل جنان شتافت و خواستند كه جسد مباركش را به جانب ارض اقدس عتبات نقل دهند . اهل قزوين راضى نشدند و هجوم عامه كردند و بدنش را در قزوين به جوار شاهزاده حسين در مقبرهء منفرده كه حاجى ميرزا ابو القاسم شيرازى براى خود تعمير كرده بود سپردند و بعد از چند ماه يا چند سال كه براى تعمير ، قبرش را شكافتند همان جسد اطهر مانند ايام زندگانى به احوال خود باقى بود و اكنون آن مرقد ، مزار معروف است .